Die meisten der kleinen Inseln um Kreta sind unbewohnt oder es befinden sich dort Naturschutzgebiete, die nur mit einer Erlaubnis besucht werden dürfen. Am bedeutendsten und für Besucher am interessantesten sind die Inseln Dia, Chrissi, Gavdos, Gavdopoula, Koufonisi, Paximadia, Psira und Spinalonga.
Gavdos
Die größte Insel ist die Insel Gavdos im Süden von Kreta. Sie liegt bereits im libyschen Meer und ist etwa 30 km2 groß. Auf der gesamten Insel wohnen nur um die 50 Menschen, ihr Hauptort ist Kastri. Gavdos ist von Kreta aus mit dem Schiff zu erreichen und für Naturliebhaber ein besonderes Erlebnis, da diese Insel sehr grün ist und man ihr die Nähe zum afrikanischen Kontinent in Klima und Vegetationsprägung anmerken kann. Auch in der Mythologie finden wir die kleine Insel wieder. Angeblich ist Gavdos der Ort, an dem Odysseus sieben Jahre lang festgehalten wurde und jedes Gefühl für Raum und Zeit verlor.
Gavdopoula
In 7,5 km Entfernung liegt die sehr kleine Insel Gavdopoula. Diese hat aber weder eine historische noch touristische Bedeutung. Dafür ist sie Lebensraum für einige seltene Pflanzen- und Tierarten. In den flachen Gewässern rund um die Insel kommt sogar die vom Aussterben bedrohte Mönchsrobbe noch vor.
Dia
Die kleine Insel Dia, die im Golf von Heraklion liegt, ist mit 12 km² die zweitgrößte der etwa 90 kleinen und kleinsten Inseln rund um Kreta. Ihr höchster Berg Mavromouri ist circa 270m hoch. An der Nord- und Ostküste befinden sich Steilwände, im Süden gibt es vier kleine Buchten. Die Insel besteht aus Kalkstein. Heute dient sie vor allem den vom Aussterben bedrohten, kretischen Ziegen als Lebensraum. Den frühen Seefahrern war sie wichtiger Orientierungspunkt bei der Navigation durch das kretische Meer. Ihre Buchten boten gute Ankerplätze sowie Schutz vor starken Winden. Heute werden während der Hauptsaison Fahrten zur Agios-Georgios Bucht unternommen, hier gibt es mittlerweile eine kleine Taverne. Zur Agrilia-Bucht werden Tauchausflüge angeboten.
Chrisi
Die Insel Chrisi – mit Namen „die Goldene“ – liegt im libyschen Meer, etwa 15 km südlich von Lerapetra. Diese kleine Insel ist ein besonderer Ausflugs-Tipp. Sie besteht fast vollständig aus weißem Kalksand und unterscheidet sich darin von den übrigen, felsigen Inseln der Ägäis. Es gibt hier keine historischen Sehenswürdigkeiten, dafür aber sehr schöne Strände. Von Lerapetra aus ist die kleine Insel innerhalb einer einstündigen Fahrt zu erreichen. Übernachtungsmöglichkeiten gibt es noch keine, dafür aber zwei Tavernen. Viele Badegäste bringen einfach ihr eigenes Zelt mit.
Koufonisi
Koufonisi liegt südöstlich von Kreta in etwa 18 km zum Küstenort Makrigialos. Heute ist die Insel zwar unbewohnt, allerdings befinden sich hier Ruinen eines römischen Theaters. Außerdem Überreste eines Bades und weiterer Gebäude aus römischer Zeit. Besonderes Highlight sind die schönen Strände, weshalb ein Tagesausflug auf die Insel lohnt. Die Ausflugsboote fahren im Sommer von Makrigialos aus.
Psira
Psira ist eine kleine Insel nördlich von Kreta im Golf von Mirabello. Hier steht vor allem Kultur auf dem möglichen Ausflugsprogramm. Auf Psira finden sich Ruinen einer minoischen Hafenstadt. Außerdem sind die Reste eines byzantinischen Klosters zu besichtigen. Von Agios Nikolaos aus, das etwa in 10 km Entfernung liegt, kann man eine Schifffahrt zu der kleinen Insel unternehmen.
Spinalonga
Spinalonga liegt ebenfalls im Golf von Mirabello, nur wenige hundert Meter nördlich von Agios Nikolaos entfernt. Über einen Damm ist sie mit Elounda verbunden. Bis 1957 war diese Insel eine Lepra-Kolonie. Die Isolierung der Patienten sollte eine weitere Verbreitung der Krankheit verhindern. Seit Beginn des 20. Jahrhunderts lebten die Kranken hier abgeschottet von der Außenwelt, wollten Verwandte ihre Angehörigen besuchen, mussten sie sich nach ihrem Besuch einer gründlichen Desinfektion unterziehen. Diese etwas gruselige Vergangenheit zieht zahlreiche Touristen auf die Insel. Abgesehen von der heute verwaisten Lepra-Stadt gibt es noch eine Festung aus venezianischer Zeit zu besichtigen.